禅院是僧徒静修居住、讲经诵佛的地方，是石宫寺建筑的一部分，位于主窟与萧寺宫之间，整个院子由四个横置石窑组合在一起。正房长10米，深4米，左右两房长6米，深3米，大门偏向东隅，西角的窑洞作厨房。