牌楼始建于清雍正三年（1725年）。乾隆年间（1788年）进行过维修，换了中间的一根石柱。牌楼整体是一座四柱三间三层楼式造型，通高7米、宽6米，为多块石头组装套接成。两根大柱正面刻联“开方便门、登欢喜地”，横额“鹫岭飞来”。背面刻联“自汉自唐几千载相传胜境、为神为佛亿万年永固皇图”，横额“汾川胜地”。牌楼最上方中间立有一块竖匾“三教圣人”，可见当时儒、佛、道三教融合互补。

一：从大门进来到主窟要上36个台阶，寓意36重天，上一层有一份福禄。而眼前看到的这个门叫彩门，俗称二门，将院墙自然隔开成相对独立的上下两院，这种结构使寺院有了三个院子自然相连，近似民间富贵人家的“三进院”。
二：西方胜境：明代石窟建有西方胜境，不知何时被毁，无从见识。现在彩门旁边立有一块“新建西方胜境碑”，虽严重残损，但能看到薛文周为官清廉，一芥不取，政声颇著，被皇帝赞为“天下第一廉”撰文字样。这块碑赞誉西方极乐世界之美，极力美化新造建筑物，起着重要的教化作用。

矗立在正殿山顶上的塔称万佛塔，为一座五层六边形楼阁式空心砖塔，高14.08米，总占地132平方米，始建于明嘉靖二年（公元1523）。它的存在是佛教寺院的一个标志性建筑，起着镇妖避邪的作用。

3号窟名为万佛岩，取自中洞门楣的篆体题刻，始建于北宋治平四年。走进主窟3号窟，如同游历一个立体的时空画廊。接地连顶的八根石柱、释迦牟尼三时佛及侍立左右的迦叶和阿难，石柱四周和石窟四壁密无间隙地刻满了大小万余尊佛像，活灵活现，栩栩如生，泥金彩绘，流光溢彩，被专家称为“敦煌第二”，具有极高的历史、宗教和艺术价值。整个石窟雕刻接地连顶，一体合成，富丽堂皇，色彩鲜艳，万尊雕像，千姿百态，栩栩如生。坛基三尊圆雕佛像衣饰以黑红二色为主，庄重朴实，丰满圆润,三组造像反应佛祖及弟子修行的三个不同的时间段，左边为初修时，中间是小成时，右边是大成时。在释迦牟尼主佛像的左右两侧,分别侍立着弟子迦叶和阿难。坛基东西两端各立一尊胁侍菩萨。在佛坛正前方,分别矗立着骑大象的普贤菩萨和骑狮子的文殊菩萨。东壁下方右侧一组是释迦牟尼涅磐图,也叫太子涅磐图。在正殿的东西两壁,各有一幅一佛二弟子图。前壁下方分别雕刻有高约0.7米的十六罗汉像。 [1]前壁：在正殿外前壁西侧是明万历年间雕刻的老子的一主二侍者造像。 [2]前壁中间是千手观音雕像，具有神秘主义的美感。 [3]前壁东侧是关圣帝君雕像，关圣帝君是团结、仁义、忠诚和友谊的象征。 主窟：主窟是从石壁上直接凿进去的，有8根石柱与窟顶相连，面阔16.4米，进深9.5米，高5.5米，平面略呈长方形，面积约225平方米。石窟中央凿石成基坛，长11米，宽5米，高1.4米。 三时佛：基坛上主造像为释迦牟尼初修、小成、大成三时佛像，均高3.54米，就地雕凿，每尊佛像与左右弟子、胁侍菩萨构成一组造像。三时佛造像丰满圆润，造型更加偏重内心世界的刻划，将释迦牟尼修行期间身心所处的不同境界栩栩如生地刻画了出来。

经发掘整理、维修后，尚有一些保存完好的石雕，除众多小佛外，还保留有护法天王太子出家等画面，形象逼真，雕刻手法细腻。比较特殊的是睡佛（太子涅槃像）侧身头枕右手上，安详自然，比三号窟睡佛要大一倍。东壁一组佛像保留完整，人物面部清晰，表情丰富。

一号窟被当地人称为送子观音菩萨殿，窟顶上保存着八角藻井，围绕着石刻莲花，藻井下原本应该是佛造像，现已为新塑像所取代。窟内有一圣水池，传得非常神奇，求佛人喝了消灾灭难，有病治病，无病健身。

钟山石窟有着两棵神奇的树种，菩提和杜仲树。菩提树属于热带树种,生长在四季如春的西双版纳，杜仲树是一种药材树，树皮用来入药，主要在秦岭以南比较常见，北方的气候环境和地理位置是根本不可能生长出这两棵树来的，而这两种树却真真实实的生长在钟山石窟，实属罕见。就这两棵树而言，有人说是佛的法力无边，有人说是福地福气，有人说是天上的神鸟衔来树种落地生根，有的说暗寓普（菩提）渡（杜仲）众生之意，说明佛门圣地是上天所赐，天然雕饰。

四号窟，石窟窟顶之上的摩崖石刻“ 洞天福地” 四个楷体巨书，写于清朝道光年间，距今有三百多年的历史，是安定城内的一位秀才石甫先生所书，刀工笔触，字体雄健,苍劲有力,古气森然，堪称书法杰作。

五号窟只有门囗内壁有两尊天王像保存尚好，左天王上半身保存较好，右手持兵器，左手抬至肘平，右天王风化较甚。台湾华严学会海云法师认为，这两尊护法天王是钟山石窟佛教造像最高艺术成就的代表。他说，全国佛教造像不乏美轮美奂的“维纳斯”，但具有英雄气概的造像很少见。这里的菩萨英武威风，堪称东方的“阿波罗”是英雄的象征，代表了陕北的尚武精神。与常见的天王装束不同，二天王头盔改为花冠，身着铠甲，神色威严。天王两脚叉开，手握兵器，怒目圆睁，威风凛凛，给人孔武有力的感觉，有很强的震慑力，所以赋予了护法的职能。

禅院是僧徒静修居住、讲经诵佛的地方，是石宫寺建筑的一部分，位于主窟与萧寺宫之间，整个院子由四个横置石窑组合在一起。正房长10米，深4米，左右两房长6米，深3米，大门偏向东隅，西角的窑洞作厨房。

萧寺宫俗称小寺宫，位于钟山石窟西侧80米处，清代萧寺宫一度为独立佛寺，原有正殿、中殿及山门三间，钟鼓各一楼，禅室两孔，茶亭二院。现存正殿、中殿、山门，余皆坍塌。